亳州市烟草专卖局、安徽省烟草公司亳州市公司为安徽省烟草专卖局、安徽省烟草公司在亳州市设置的烟草行政管理机构和国有独资商业企业，实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”的管理体制，行政上担负烟草专卖市场管理职能，原业务上集卷烟经营和烤烟产销为一体，根据上级政策要求，2016年起，亳州取消烟叶种植收购计划。

亳州市烟草专卖局（公司）前身为亳县烟草分公司（系县级建制），成立于1981年5月，下辖亳县烟叶经理部和涡阳县烟草公司；1983年2月，原太和县烟草公司由阜阳市烟草公司划归亳县烟草分公司管辖；1982年至1983年，亳县、涡阳、太和、蒙城、利辛县先后成立县级烟草专卖局，隶属阜阳行署烟草专卖局；1985年3月，亳县烟草分公司更名为亳州烟草分公司，下辖机构不变；1986年5月，亳县烟草专卖局改为亳州市烟草专卖局，隶属于阜阳行署烟草专卖局；1998年5月，亳州烟草分公司更名为安徽省烟草公司亳州市烟草公司，与亳州市烟草专卖局一套机构、两块牌子，归安徽省烟草专卖局（公司）直辖，计划单列，原亳州烟草分公司下辖的涡阳县烟草公司、太和县烟草公司划归阜阳市烟草专卖局（公司）管辖；2000年6月，地级亳州市成立后，涡阳县、蒙城县、利辛县烟草专卖局（公司）由阜阳划归亳州市烟草专卖局（公司）管辖；2001年1月，安徽省烟草专卖局（公司）取消涡阳县、蒙城县、利辛县烟草公司的法人资格，作为亳州市烟草公司的二级法人报账制单位；2003年1月，设亳州市烟草专卖局谯城分局，设卷烟物流配送中心；2010年3月，设亳州市烟草公司烟叶经理部；2017年3月，亳州市烟草公司烟叶经理部撤销；现下设谯城、涡阳、蒙城、利辛四个县级烟草专卖局、1个物流中心、12个部门、1个稽查支队。