黄南州烟草专卖局、青海省烟草公司黄南州公司前身为黄南州商贸公司。2004年5月，按照国家烟草专卖局关于烟草行业体制改革的工作要求，经青海省烟草专卖局和黄南州人民政府共同协商，改革黄南州商贸公司体制，由青海省烟草专卖局注资100万元，组建黄南州烟草专卖局、青海省烟草公司黄南分公司，为正处级单位，负责黄南州辖区的烟草专卖管理和卷烟销售等工作,受青海省烟草专卖局（公司）和黄南州人民政府双重领导，以青海省烟草专卖局（公司）领导为主。

2007年3月30日，根据建立母子公司体制改革要求,经青海省烟草专卖局（公司）同意，青海省烟草公司黄南分公司更名为青海省烟草公司黄南州公司，为中国烟草总公司青海省公司的全资子公司。

截至2018年底，黄南州烟草专卖局、青海省烟草公司黄南州公司内设办公室（政策法规与体制改革科、烟草学会分会）、企业管理科（安全管理科）、专卖监督管理科（专卖稽查支队）、内部专卖管理监督派驻办公室、财务管理科、人事科（党建工作科、机关党总支、工会办公室）、纪检监察科（党组纪检组、审计派驻办公室、规范管理办公室）7个职能科室和营销中心（卷烟销售网络建设办公室）1个专业部门，下辖同仁、尖扎、泽库、河南4个县级烟草专卖局（营销部），在册员工67人。