2004年，玉树州烟草专卖局（公司）顺利完成体制理顺，划归青海省烟草专卖局（公司）和地方政府的双重领导。2007年玉树州公司完成母子公司体制改革，现为青海省烟草公司全资子公司，为“两块牌子、一套机构”，实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”的管理体制。

玉树州局（公司）机关内部设有办公室（安全保卫科、政策法规与体制改革科）、人力资源管理科（思想政治工作科）、专卖监督管理科（稽查支队）、财务管理科、监察（审计）科、营销中心、内部专卖管理监督派驻办公室、企业管理科（规范办）8个科室，下辖杂多、治多、曲麻莱、称多、囊谦5个非独立法人的县级烟草专卖局（营销部）。