青海省西宁市烟草专卖局、青海省烟草公司西宁市公司（以下简称西宁市烟草专卖局（公司））于2000年9月划归青海省烟草专卖局（公司）管理，受青海省烟草专卖局（公司）和西宁市人民政府双重管理，以青海省烟草专卖局（公司）管理为主。按照国家对烟草行业实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”的管理体制，西宁市烟草专卖局（公司）实行一套机构、两块牌子，全面管理西宁市的烟草专卖管理和卷烟经营管理工作。

西宁市局（公司）内设办公室（烟草学会分会）、企业管理科、安全管理科、专卖监督管理科（专卖稽查支队）、内部专卖管理监督派驻办公室、财务管理科、审计派驻办公室（规范管理办公室）、人事科、政策法规与体制改革科、党建工作科（机关党总支、工会办公室）和纪检监察科（党组纪检组）11个职能科室和1个专业部门营销中心（卷烟销售网络建设办公室），下属3个县级局（营销部）。现有从业人员为259人。