西双版纳州烟草专卖局成立于1991年6月，云南省烟草西双版纳州公司于1993年1月由西双版纳州糖烟酒公司成建制上划成立后，与州烟草专卖局合署办公。２００７年１月，云南省烟草公司系统建立母子公司体制，州烟草公司名称变更为“云南省烟草公司西双版纳州公司”。２０１４年，西双版纳州烟草专卖局 （公司）内设办公室、企业管理部、卷烟营销中心、信息中心、专卖监督管理部、党群工作部、人事劳资部、财务管理部、审计派驻办公室、纪检监察部、政策法规与体制改革部、整顿办、安全保卫部等１３个职能部门。下设物流分公司、景洪市烟草专卖局（分公司）、勐海县烟草专卖局（分公司）、勐腊县烟草专卖局（分公司）。