1982年６月、1983年７月，云南省烟草公司玉溪地区公司、玉溪地区烟草专卖局分别成立。1986年10月，玉溪地区烟草专卖局、云南省烟草公司玉溪分公司、玉溪卷烟厂三家合并，形成 “三合一”玉烟企业。1998年６月，玉溪撤地设市，改称云南省烟草公司玉溪市公司和玉溪市烟草专卖局。2003年６月，工商体制改革，与红塔集团工商分设。分设后，玉溪市烟草专卖局、云南省烟草公司玉溪市公司，简称“玉溪市烟草专卖局（公司）”，实行两块牌子一套班子。2006年12月，公司实施母子公司体制改革，取消县（区）级公司法人资格，玉溪市烟草专卖局更名为云南省玉溪市烟草专卖局。2015年，下辖红塔区、江川、通海、新平、澄江、峨山、华宁、元江、易门９个县（区）烟草专卖局（分公司）及玉溪市研和水泥制造有限公司、云南省玉溪钢铁有限责任公司、通海县熙苑宾馆有限责任公司、云南云岭四季酒店管理公司４个多元化经营的控（参）股公司；玉溪市烟草专卖局（公司）设办公室（外事办）、企业管理部、专卖监督管理部（稽查支队）、财务管理部、烟叶经营管理部 （质检站）、烟叶基础设施建设办公室、人事劳资部（组织部）、党群工作部、监察部、审计部、政策法规与体制改革部、整顿和规范办公室、安全保卫部１３个职能部（室）和烟叶生产技术中心、卷烟营销中心、玉溪庄园管理中心、督察考评中心、信息中心、服务中心６个中心及物流分公司。

烤烟生产经营规模基本稳定在70万亩左右，收购量180多万担。卷烟销售规模7万箱左右。