怒江傈僳族自治州烟草专卖局成立于1991年８月，云南省烟草怒江傈僳族自治州公司组建于1994年８月９日，实行“两块牌子、一套人马”合署办公，统称为怒江州烟草专卖局（公司）。２００２年３月，成立县局烟草配送中心，取消县级分公司法人资格，以州公司为法人经营主体。２００３年 １２月 １６日，改制撤销泸水县烟草专卖局 （分公司）。２００７年１月 ２９日，实施母子公司体制改革后，云南省烟草怒江州公司更名为“云南省烟草公司怒江州公司”。２００７年６月１日，云南省烟草怒江州公司兰坪县卷烟配送中心更名为“云南省烟草公司怒江州公司兰坪分公司”，云南省烟草怒江州公司福贡县卷烟配送中心更名为 “云南省烟草公司怒江州公司福贡分公司”，云南省烟草怒江州公司贡山县卷烟配送中心更名为“云南省烟草公司怒江州公司贡山分公司”。

怒江州烟草专卖局（公司）下辖福贡、兰坪、贡山三个县级烟草专卖局（分公司）和一个直属分局。２０１５年，怒江州局（公司）内设企业管理部、财务管理部、人事劳资部、卷烟营销中心、物流分公司、专卖监督管理部（稽督支队）、内管派驻办、审计派驻办、纪检监察部、办公室 （安保、党群）、直属分局等 １１个职能部门。