2012年5月18日，国家烟草专卖局中国烟草总公司批复同意设立深圳市大鹏新区烟草专卖局和深圳市烟草大鹏新区公司。同年6月11日，深圳市烟草大鹏新区公司获得深圳市市场监督管理局正式核准成立，具有独立法人资格。7月1日，深圳市大鹏新区烟草专卖局（公司）正式投入运营。深圳市大鹏新区烟草专卖局与深圳市烟草大鹏新区公司合署办公，实行两块牌子、一套人马，负责大鹏片区和南湾片区（2013年1月划归经营）烟草专卖管理和卷烟经营管理工作。内设办公室（安全科）、专卖科（内管科）、财务科、政工科（法规科、纪检监察室）、业务科。