1994年6月，深圳市烟草公司罗湖名烟总汇成立，1995年8月更名为深圳市烟草罗湖公司。1997年12月，深圳市烟草专卖局罗湖分局成立，2003年4月更名为深圳市罗湖区烟草专卖局，与深圳市烟草罗湖公司合署办公，实行两块牌子、一套人马，负责辖区内烟草专卖管理、电子烟监管、卷烟经营工作。

深圳市罗湖区烟草专卖局（公司）现内设机构有：办公室（安全科、法规科）、专卖科（内部专卖管理监督科）、业务科、财务科，其中安全科、法规科与办公室合并办公，专卖科与内部专卖管理监督科合并办公。