内蒙古自治区烟草公司锡林郭勒公司前身是锡林郭勒烟草驻张分公司，组建于1984年4月，办公地点设在河北省张家口市，与1985年10月成立的锡林郭勒盟烟草专卖局为政企合一机构。2005年4月，根据中国烟草总公司商业流通体制改革的需要，取消旗县级公司法人资格，建立以分公司为市场经营主体的经营管理体制，锡林郭勒驻张分公司回迁锡林浩特市，并变更为“内蒙古自治区烟草公司锡林郭勒分公司”，与锡林郭勒盟烟草专卖局合署办公，结束了局和分公司两地办公的局面。按照商流体制改革要求，分公司于2006年更名为“内蒙古自治区烟草公司锡林郭勒盟公司”。

盟局(公司)机关内设16个科室(中心)。下辖锡林浩特市、东乌珠穆沁旗、西乌珠穆沁旗、阿巴嘎旗、苏尼特右旗、苏尼特左旗、镶黄旗、太仆寺旗、多伦县、正蓝旗、乌拉盖管理区等11个旗县级烟草专卖局(营销部)和1个未上划的正镶白旗烟草专卖局(公司)。