浙江省烟草公司衢州市公司成立于1986年1月，浙江省衢州市烟草专卖局成立于1986年6月。实行两块牌子、一套班子的工作体制，实行统一领导、垂直管理、专卖专营的管理体制，负责市本级的专卖管理、卷烟经营，承担对下属县（市）局（分公司）的行业管理职责。2008年，积极推进取消县级公司法人资格的体制改革工作，完成了全市烟草商业企业的工商变更登记注册，正式形成了以市公司为法人的全市烟草行业一体化管理格局。

全市烟草系统现有职工540余人。内设 13个处室：办公室、财务管理处、审计处、安全保卫处、信息中心、人事劳资处、纪检监察处、思想政治工作处、企业管理处、专卖监督管理处、法规处、营销中心（下设综合部、市场部、订单部、品牌部）、配送中心（下设综合部、储配部、送货部）。下辖江山、龙游、常山、开化四个县（市）局（分公司）。各县（市）局（分公司）内设办公室（兼监察科）、财务科、业务科、专卖科。