江苏省南京市烟草专卖局、江苏省烟草公司南京市公司相继组建于1983年12月。1999年2月与南京卷烟厂分设。目前，下辖5个区局（分公司）和4个直属分局（分公司），机关内设16个处室（中心）。全市系统共有员工近1000人，服务于全市26000余户卷烟零售客户。

目前，南京市烟草专卖局（公司）实行“统一领导、垂直管理、专卖专营”行业体制，受江苏省烟草专卖局（公司）和南京市人民政府双重领导，负责全市卷烟经营与烟草专卖品的管理工作。