北海市局(公司)组建于1985年5月，当时受南宁烟草专卖局（分公司）管辖，1988年4月市烟草公司更名为北海烟草专卖局、广西区公司北海分公司，受广西区局（公司）直接管辖，下辖合浦县烟草专卖局（公司）。1999年实行相对统一的访销配送，同时成立了覆盖城乡的卷烟批发网点；2001年1月起，取消合浦县烟草公司法人资格，统一为北海分公司一个法人代表；2002年10月起，整合所有批发网点和分局。2003年6月，变更为北海市烟草专卖局(公司)； 2007年12月，北海市烟草公司变更为广西区烟草公司北海市公司，系广西区烟草公司的子公司。 

目前，北海市烟草专卖局（公司）下设2个县级局，分别为北海市城区烟草专卖局(营销部)和合浦县烟草专卖局(营销部)；最基层单位有涠洲分局和8个烟草专卖管理所。市局机关职能部门有15个，分别是：办公室（信访办、烟草学会），人力资源管理科，财务科，审计科（审计派驻办），纪检监察科，信息管理科，法规科，综合管理科（客户投诉中心、整顿与规范管理办公室），党群工作科，后勤服务科，安全管理科，区局派驻北海市局内部专卖管理监督办公室（简称“内管派驻办”），专卖监督管理科（稽查支队），卷烟营销中心，卷烟物流中心。