1998年6月，成立甘南藏族自治州烟草专卖分局和甘南藏族自治州烟草分公司，为两块牌子，一套机构，行使二级烟草专卖管理权和三级经营权。

2003年10月，甘南藏族自治州烟草专卖分局和甘南藏族自治州烟草分公司整体上划，成立甘肃省烟草专卖局甘南分局、甘肃省烟草公司甘南分公司，受甘肃省烟草专卖局（公司）与甘南藏族自治州人民政府双重领导，以甘肃省烟草专卖局（公司）领导为主，既是甘南藏族自治州实施烟草专卖管理的执法单位，又是行使卷烟二级批发权的经营单位。2006年，甘肃省烟草专卖局甘南分局更名为甘南藏族自治州烟草专卖局。2007年，甘肃省烟草公司甘南分公司更名为甘肃省烟草公司甘南藏族自治州公司。隶属于甘肃省烟草专卖局(公司)，主要担负着甘南州辖区的烟草专卖管理和卷烟市场供应任务。

甘南藏族自治州烟草专卖局（公司）辖合作市、碌曲、码曲、夏河、舟曲、迭部、卓尼、临潭8个县局（营销部）。机关设有办公室、营销管理中心、专卖监督管理科、财务管理科、政工科、督察考评中心和省局派驻审计办七个部门。