沈阳农业大学烟草研究所充分依托学校优势学科，下设植保研究室、土壤肥料研究室、栽培育种研究室和分析测试室，另外还设有辽宁省烟草病虫害预测预报与综合防治中心。同时，研究所还创建了“辽宁省烟草植保技术服务网站”，面向辽宁省烟草行业开展专家咨询、疑难问题解答及病虫害诊断与防治等工作。