打顶、摘侧芽后的烟株常会出现烂茎，是由于感染了烟草空茎病的结果。烟草空茎病病原菌是一种称为欧氏杆菌属的白菜软腐细菌，其寄主范围广泛，可侵染57个属的120多种植物，包括烟草、甘蓝、萝卜、芹菜、黄瓜、莴苣、马铃薯、白菜等。病菌可产生果胶酶，由于酶的作用，引起烟草茎髓部组织崩解腐烂，这就是烟草空茎病发生的原因。病原细菌可以从茎的任何伤口侵入致病，但最经常的是从打顶、摘侧芽所造成的伤口侵入，并随髓部蔓延而造成烂茎。所以空茎病通常在打顶、摘侧芽时开始出现。烟株受病菌侵入后其髓部迅速变褐，继之出现软腐，顶叶萎垂，病部继续向下扩展，叶片或悬挂在茎上，或全部脱落，仅留中空的茎。寄主组织偏酸，有利病原细菌繁殖，髓部分解得快。偏施过施氮肥，特别是化学氮肥多，寄主体内游离氨基酸水平较高，也有利细菌繁殖，茎髓部分解快。

　　空气湿度是本病发生流行的关键因素，阴雨连绵的天气，不仅有利于病原细菌的活动，而且打顶及采收时所造成的伤口不易愈合，木栓化速度变慢，延长了病菌侵染时间，本病往往发生严重。由此可见，预防本病应注意抓好下述环节：

　　1、打顶、摘侧芽及采收要选择晴天并在露水干了之后进行，以便加速伤口愈合，减少病原细菌侵染机会。另外在风雨过后尽快除去受伤叶片，可防止病害向茎部扩展。
　　

　　2、烟田实行轮作，精细整地，使用净粪，做好田间卫生可减轻本病危害。
　　

　　3、在本病常发地区及烟田，应在降雨前后和摘芽打顶后喷药预防。药剂可选用农用链霉素或硫酸链霉素或新植霉素4000倍液。