当谈及育苗水中的肥料时，从事有机烟草栽培的人需要了解鸟儿粪便的事。在漂浮育苗系统中，海鸟的粪便是美国有机烟草种植者主要使用的肥料。由于海鸟粪在育苗水中的溶解速度要比传统肥料更慢一些，因此必须要多加关注施肥、水质监控和通风的时机。

目前，相比于其他肥料，使用海鸟粪能培育出更加强壮健康的烟苗。了解海鸟粪使用前后的细节，对有机温室烟苗栽培成功至关重要。

要想有效利用海鸟粪，就不得不溶解它，以便烟苗能够充分吸收其中的氮。科学家向烟草种植者们建议，要么购买粉末状的海鸟粪，要么自己进行碾磨粉碎。

在使用之前，要把粉末状的海鸟粪浸入温水中，并进行搅拌加快溶解。这样做提高了海鸟粪颗粒的表面积，使其吸收性更好。使用潜水泵帮助溶解并分散开海鸟粪颗粒，同时向水中加入氧气。多加氧气能够增强硝化作用，把氨变成亚硝酸盐，亚硝酸盐变成硝酸盐，这是烟苗需要的肥料。氨大量转化成硝酸盐后，也减少了水中碳酸氢盐浓度，降低水的碱性。

在育苗之前，烟草种植者必须监控他们育苗水中碳酸氢盐的浓度。育苗水中的海鸟粪经常导致碳酸氢盐含量偏高，这会造成水的pH升高。pH升高会限制烟苗所需营养的供给，进而影响其健康和活力。在育苗之前，如果发现水源中的碳酸氢盐含量很高，烟草种植者可以使用经过批准的有机酸化剂进行调节。

海鸟粪缓慢释放营养的特点，意味着对它的管理与传统方式不同。把海鸟粪分两次施加，可以防止烟苗过度暴露于盐、尿素、碳酸氢盐和亚硝酸盐的水质中。将有机材料审查机构允许使用的硝酸钠与海鸟粪一起使用，可以限制产生过量的磷。

用海鸟粪做肥料可能导致作物中钙硼含量不足。虽然在用海鸟粪做试验时，研究人员还没有看到钙和硼的含量很低，这可能是因为这些营养物质在的水源中浓度较高的原因。北卡罗来纳州州立大学烟草推广专家马修·范恩（Mathew Vann）说：“在钙硼含量超标之前，烟农们的做法非常聪明，他们收集日常用水（施肥前的水和施肥后的水）和烟苗组织样本进行观察分析，来识别任何可能出现的问题。”如果怀疑微量元素比如钙和硼含量不足，添加石膏可以补充钙和硫。

专家提醒，不要把石灰添加到育苗水中，因为石灰也会提高水的pH，就像碳酸氢盐偏高一样，导致植物吸收不到养分。

范恩说：“在美国，目前可以替代海鸟粪的肥料经过试验证明效果不理想，而那些具有同样潜力的肥料还没有得到有机烟草买家的许可，目前还不能使用。”