叶仲三好以琥珀和水晶进行内画创作，台北故宫博物院也收藏有两件他的作品。其中一件“叶仲三水晶内绘人物鼻烟壶”，全高5.7厘米，通体为无色透明水晶，一面彩绘郎中、妇人各一，及隶书“医术”；另一面绘文房、书生等，及隶书“凤仙”和行书“癸卯重阳，叶仲三”。内画人物神形兼备，服饰细腻生动。

在清代晚期，叶仲三的内画鼻烟壶几乎家喻户晓。他内画《聊斋》故事，活灵活现；画《红楼梦》《三国》人物，栩栩如生。如北京艺术博物馆藏一件高6.3厘米的叶仲三水晶内画“三国人物”鼻烟壶。壶身其中一侧，绘萧山远水间有一架石桥，桥上一长者头戴宽沿风雪帽，身着灰蓝长布袍，神情稳重淡然，骑驴而行。长者身后绘两个侍童，穿绿着红，鲜艳无比，二人奔跑雀跃于驴之前后，甚是稚气顽皮。另外一侧，绘农家柴扉前的诸葛亮头戴蓝布儒巾，身着灰蓝长袍，正向来访客人拱手还礼，气度儒雅，不卑不亢。其身后有一侍童正肃立倾听。来访之人为着红袍的刘备，他面如冠玉，目似流星，唇若涂脂，高大魁梧，正躬身施礼。刘备身后着绿衣的张飞面若重枣，唇若涂脂，凤眼生威，卧蚕似雾，英气逼人。余处又绘白马一匹，梅枝些许。此壶绘工精细，千古传奇尽纳方寸之间。

在艺术市场上，叶仲三的内画鼻烟壶很受欢迎。早在1985年，纽约苏富比举办的鼻烟壶专题拍卖中，一件“叶仲三玻璃内画严骑兵二等卒鼻烟壶”就估价7000美元。2012年，北京保利的一件“叶仲三内画人物故事诗文鼻烟壶”，则以人民币42.55万元拍卖成交。