南宁卷烟厂于1975年正式筹建，1978年建成投产。1996年以南宁卷烟厂为核心成立南宁烟草集团，2000年武鸣卷烟厂并入南宁卷烟厂，2001年南宁烟草集团实施工商分设，南宁卷烟厂恢复独立法人资格。2004年柳州卷烟厂、南宁卷烟厂联合重组，在柳州卷烟厂的基础上成立广西卷烟总厂，将南宁厂资产、负责、权益、权益划归广西卷烟总厂统一管理，取消南宁卷烟厂法人资格，原柳州厂、南宁厂成为广西卷烟总厂分厂。2006年广西卷烟总厂取消独立法人，并入广西中烟工业公司。2008年广西中烟工业公司完成公司制改造，更名为广西中烟工业有限责任公司，南宁卷烟厂成为广西中烟工业有限责任公司所辖工厂。

经过2010年开工的 “十二五”技改项目，南宁卷烟厂年生产能力达到90万箱。